支出预算应当按照资金开支范围确定的支出科目和不同资金来源分别编列，并对各项支出的主要用途和测算理由等进行详细说明。
第二十三条 重点专项项目不得在预算申报前先行设置控制额度，可在重点专项年度申报指南中公布重点专项概算。
项目实行两轮申报的，预申报环节时，项目申报单位提出所需专项资金预算总额；正式申报环节时，专业机构综合考虑重点专项概算、项目任务设置、预申报情况以及专家建议等，组织项目申报单位编报预算。
项目实行一轮申报的，按照正式申报环节要求组织编报预算。
第二十四条 项目申报单位应当按照政策相符性、目标相关性和经济合理性原则，科学、合理、真实地编制预算，对仪器设备购置、参与单位资质及拟外拨资金进行重点说明，并申明现有的实施条件和从单位外部可能获得的共享服务。项目申报单位对直接费用各项支出不得简单按比例编列。
第二十五条 专业机构委托相关机构开展项目预算评估。预算评估机构应当具有丰富的国家科技计划预算评估工作经验、熟悉国家科技计划和资金管理政策、建立了相关领域的科技专家队伍支撑、拥有专业的预算评估人才队伍等。
第二十六条 预算评估应当按照规范的程序和要求，坚持独立、客观、公正、科学的原则，对项目以及课题申报预算的政策相符性、目标相关性和经济合理性进行评估。
预算评估过程中不得简单按比例核减直接费用预算，同时应当建立健全与项目申报单位的沟通反馈机制。
第二十七条 专业机构根据预算评估结果，提出重点专项项目预算安排建议，并予以公示。
第二十八条 专业机构根据财政部下达的重点专项预算和科技部对项目安排建议的审核意见，向项目牵头承担单位下达重点专项项目预算，并与项目牵头承担单位签订项目任务书（含预算）。
项目任务书（含预算）是项目和课题预算执行、财务验收和监督检查的依据。项目任务书（含预算）应以项目预算申报书为基础，突出绩效管理，明确项目考核目标、考核指标及考核方法，明晰各方责权，明确课题承担单位和参与单位的资金额度，包括其他来源资金和其他配套条件等。
第五章 项目预算执行与调剂
第二十九条 专业机构应当按照国库集中支付制度规定,及时办理向项目牵头承担单位支付年度项目资金的有关手续。实行部门预算批复前项目资金预拨制度。
项目牵头承担单位应当根据课题研究进度和资金使用情况，及时向课题承担单位拨付资金。课题承担单位应当按照研究进度，及时向课题参与单位拨付资金。课题参与单位不得再向外转拨资金。
逐级转拨资金时，项目牵头承担单位或课题承担单位不得无故拖延资金拨付，对于出现上述情况的单位，专业机构将采取约谈、暂停项目后续拨款等措施。
第三十条 承担单位应当严格执行国家有关财经法规和财务制度，切实履行法人责任，建立健全项目资金内部管理制度和报销规定，明确内部管理权限和审批程序,完善内控机制建设，强化资金使用绩效评价，确保资金使用安全规范有效。
第三十一条 承担单位应当建立健全科研财务助理制度，为科研人员在项目预算编制和调剂、资金支出、财务决算和验收方面提供专业化服务。
第三十二条 承担单位应当将项目资金纳入单位财务统一管理，对中央财政资金和其他来源的资金分别单独核算，确保专款专用。按照承诺保证其他来源的资金及时足额到位。
第三十三条 承担单位应当建立信息公开制度，在单位内部公开项目立项、主要研究人员、资金使用（重点是间接费用、外拨资金、结余资金使用等）、大型仪器设备购置以及项目研究成果等情况，接受内部监督。
第三十四条 承担单位应当严格执行国家有关支出管理制度。对应当实行“公务卡”结算的支出，按照中央财政科研项目使用公务卡结算的有关规定执行。对于设备费、大宗材料费和测试化验加工费、劳务费、专家咨询费等，原则上应当通过银行转账方式结算。对野外考察、心理测试等科研活动中无法取得发票或者财政性票据的，在确保真实性的前提下，可按实际发生额予以报销。
第三十五条 承担单位应当严格按照资金开支范围和标准办理支出，不得擅自调整外拨资金，不得利用虚假票据套取资金，不得通过编造虚假劳务合同、虚构人员名单等方式虚报冒领劳务费和专家咨询费，不得通过虚构测试化验内容、提高测试化验支出标准等方式违规开支测试化验加工费，不得随意调账变动支出、随意修改记账凭证,严禁以任何方式使用项目资金列支应当由个人负担的有关费用和支付各种罚款、捐款、赞助、投资等。
第三十六条 承担单位应当按照下达的预算执行。项目在研期间，年度剩余资金结转下一年度继续使用。预算确有必要调剂时，应当按照以下调剂范围和权限，履行相关程序：
（一）项目预算总额调剂，项目预算总额不变、课题间预算调剂，课题预算总额不变、课题参与单位之间预算调剂以及增减参与单位的，由项目牵头承担单位或课题承担单位逐级向专业机构提出申请，专业机构审核评估后，按有关规定批准。
（二）课题预算总额不变，课题直接费用中材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、其他支出预算如需调剂，课题负责人根据实施过程中科研活动的实际需要提出申请，由课题承担单位批准，报项目牵头承担单位备案。设备费、差旅/会议/国际合作交流费、劳务费、专家咨询费的预算一般不予调增，需调减用于课题其他直接支出的，可按上述程序办理调剂审批手续；如有特殊情况确需调增的，由项目（课题）负责人提出申请，经项目牵头承担单位同意后，报专业机构批准。
（三）课题间接费用预算总额不得调增，经课题承担单位与课题负责人协商一致后，可以调减用于直接费用。
第三十七条 项目牵头承担单位应当在每年的4月20日前，审核课题上年度收支情况，汇总形成项目年度财务决算报告，并报送专业机构。决算报告应当真实、完整，账表一致。
项目资金下达之日起至年度终了不满三个月的项目，当年可以不编报年度财务决算，其资金使用情况在下一年度的年度决算报告中编制反映。
第三十八条 项目实施过程中，行政事业单位使用中央财政资金形成的固定资产属于国有资产，应当按照国家有关国有资产管理的规定执行。企业使用中央财政资金形成的固定资产，按照《企业财务通则》等相关规章制度执行。
承担单位使用中央财政资金形成的知识产权等无形资产的管理，按照国家有关规定执行。
使用中央财政资金形成的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，按照规定开放共享。
第三十九条 项目或课题因故撤销或终止，项目牵头承担单位或课题承担单位财务部门应当及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，报送专业机构。专业机构组织清查处理，确认并回收结余资金（含处理已购物资、材料及仪器设备的变价收入），统筹用于重点专项后续支出。
第六章 项目财务验收
第四十条 项目执行期满后，项目牵头承担单位应当及时组织课题承担单位清理账目与资产，如实编制课题资金决算。项目牵头承担单位审核汇总后向专业机构提出财务验收申请。
财务验收申请应当在项目执行期满后的三个月内提出。
第四十一条 专业机构按照有关规定组织财务验收。财务验收前，应当选择符合要求的会计师事务所进行财务审计，财务审计报告是财务验收的重要依据。
财务验收工作应当在项目牵头承担单位提出财务验收申请后的六个月内完成。
在财务验收前，专业机构应按照项目任务书的规定检查承担单位的科技报告呈交情况，未按规定呈交的，应责令其补交科技报告。
第四十二条 财务验收应当按项目组织，以项目下设的课题为单元开展和出具财务验收结论，综合形成项目财务验收意见，并告知项目牵头承担单位。
第四十三条 存在下列行为之一的，不得通过财务验收：
（一）编报虚假预算，套取国家财政资金；
（二）未对重点研发计划资金进行单独核算；
（三）截留、挤占、挪用重点研发计划资金；
（四）违反规定转拨、转移重点研发计划资金；
（五）提供虚假财务会计资料；
（六）未按规定执行和调剂预算；
（七）虚假承诺其他来源的资金；
（八）资金管理使用存在违规问题拒不整改；
（九）其他违反国家财经纪律的行为。
第四十四条 课题承担单位应当在财务验收完成后一个月之内及时办理财务结账手续。
完成课题任务目标并通过财务验收，且承担单位信用评价好的，结余资金在财务验收完成起两年内由承担单位统筹安排用于科研活动的直接支出；两年后结余资金未使用完的，上缴专业机构，统筹用于重点专项后续支出。
未通过财务验收或整改后通过财务验收的课题，或承担单位信用评价差的，结余资金由专业机构收回，统筹用于重点专项后续支出。
第四十五条 专业机构应当在财务验收完成后一个月内，将财务验收相关材料整理归档，并将验收结论报科技部备案。验收结论应当按规定向社会公开。
第四十六条 科技部对财务审计和财务验收进行随机抽查。对财务审计，重点抽查审计依据充分性、结论可靠性、审计工作质量及对重大违规问题的披露情况；对财务验收，重点抽查验收程序规范性、依据充分性、结论可靠性和项目结余资金管理情况。
第七章 监督检查
第四十七条 财政部、科技部、相关主管部门、专业机构和承担单位应当根据职责和分工，建立覆盖资金管理使用全过程的资金监督检查机制。监督检查应当加强统筹协调，加强信息共享，避免交叉重复。
第四十八条 科技部、财政部应当根据重点研发计划资金监督检查年度计划和实施方案，通过专项检查、专项审计、年度报告分析、举报核查、绩效评价等方式，对专业机构内部管理、重点专项资金管理使用规范性和有效性进行监督检查，对承担单位法人责任和内部控制、项目资金拨付的及时性、项目资金管理使用规范性、安全性和有效性等进行抽查。
第四十九条 相关主管部门应当督促所属承担单位加强内控制度和监督制约机制建设、落实重点专项项目资金管理责任，配合财政部、科技部开展监督检查和整改工作。
第五十条 专业机构应当组织开展对重点专项资金的管理和监督，并配合有关部门开展监督检查；对监督检查中发现问题较多的承担单位，采取警示、指导和培训等方式，加强对承担单位的事前风险预警和防控。
专业机构应当在每年末总结当年的重点专项资金管理和监督情况，并报科技部备案。
第五十一条 承担单位应当按照本办法和国家相关财经法规及财务管理规定，完善内部控制和监督制约机制，加强支撑服务条件建设，提高对科研人员的服务水平，建立常态化的自查自纠机制，保证项目资金安全。
项目牵头承担单位应当加强对课题承担单位的指导和监督，积极配合有关部门和机构的监督检查工作。
第五十二条 承担单位在预算编报、资金拨付、资金管理和使用、财务验收、监督检查等环节存在违规行为的，应当严肃处理。科技部、财政部、专业机构视情况轻重采取约谈、通报批评、暂停项目拨款、终止项目执行、追回已拨资金、阶段性或永久取消项目承担者项目申报资格等措施，并将有关结果向社会公开。涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
监督检查和验收过程中发现重要疑点和线索需要深入核查的，科技部、财政部可以移交相关单位的主管部门。主管部门应当按照有关规定和要求及时进行核查，并将核查结果及处理意见反馈科技部、财政部。
第五十三条 经本办法第五十二条规定作出正式处理，存在违规违纪和违法且造成严重后果或恶劣影响的责任主体，纳入科研严重失信行为记录，加强与其他社会信用体系衔接，实施联合惩戒。
第五十四条 重点研发计划资金管理实行责任倒查和追究制度。财政部、科技部及其相关工作人员在重点专项概预算审核下达，专业机构及其相关工作人员在重点专项项目资金分配等环节，存在违反规定安排资金或其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等违法违纪行为的，按照《预算法》、《公务员法》、《行政监察法》、《财政违法行为处罚处分条例》等有关规定追究相关单位和人员的责任，涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
第五十五条 科技部、财政部按照信用管理相关规定，对专业机构、承担单位、项目（课题）负责人、评估机构、会计师事务所、咨询评审专家等参与资金管理使用的行为进行记录和信用评价。
相关信用记录是重点研发计划项目预算核定、结余资金管理、监督检查、专业机构遴选和调整等的重要依据。信用记录与资金监督频次挂钩，对于信用好的机构和人员，可减少或在一定时期内免除监督检查；对于信用差的，应当作为监督检查的重点，加大监督检查频次。
第八章 附则
第五十六条 管理要求另有规定的重点专项按有关规定执行。
第五十七条 本办法自发布之日起施行。2015年7月7日财政部、科技部颁布的《关于中央财政科技计划管理改革过渡期资金管理有关问题的通知》（财教〔2015〕154号）和2016年4月18日财政部办公厅、科技部办公厅颁布的《关于国家重点研发计划重点专项预算管理有关规定（试行）的通知》（财办教〔2016〕25号）同时废止。
